Bem-vindo à Vila Secreta da Folha, onde ninjas mortíferos vagam pela terra e o endiabrado Naruto Uzumaki causa problemas aonde quer que vá.
Naruto finalmente se forma na Academia Ninja e já acha que sabe tudo.
Para poder se tornar um ninja de verdade, Naruto precisa formar uma equipe com seus colegas, a bela Sakura e o sisudo Sasuke..
Agora que Naruto, Sasuke e Sakura são um time, eles se reúnem com seu professor, o enigmático e distraído Kakashi.
Ameaçados pelo fracasso, Naruto, Sasuke e Sakura tentam tudo o que sabem para passar do excruciante teste de sobrevivência.
As primeiras missões ninja do time de Naruto são tarefas maçantes. Cansado e furioso, Naruto desabafa com o Hokage.
Naruto e seu time chegam à Terra das Ondas, que descobrem ter sido dominada por um negociante chamado Gato.
Kakashi leva a melhor na batalha contra Zabuza.
Graças ao engenhoso plano de Naruto, Kakashi é libertado da prisão dágua.
Recuperando-se na casa de Tazuna, Kakashi está insatisfeito com o resultado da batalha.
Sakura vai à cidade com Tazuna e vê como o povo da Terra das Ondas sofre com o governo de Gato. Enquanto isso, Naruto e Sasuke continuam a treinar, tentando escalar uma árvore usando o chakra.
Enquanto Naruto se concentra em seu treino de chakra, ele é abordado por uma pessoa misteriosa.
Mais uma vez, chega a hora de enfrentar Zabusa, e desta vez ele tem companhia - o ninja rastreador que tentou lhe matar.
Sasuke está preso nos Espelhos de Cristais de Gelo de Haku, mas Naruto vem lhe salvar.
Ao perceber que lhe resta pouco tempo, Kakashi decide usar o Sharingan novamente para derrotar Zabuza.
Naruto e Sasuke continuam a receber ataques inclementes dos Espelhos de Cristais de Gelo do Haku.
Naruto finalmente explode! Sua fúria contra Haku, que derrotou Sasuke, desperta o poder da Raposa de Nove Caudas.
Naruto questiona fortemente a filosofia de Haku, que vive apenas pra lutar e vencer. Enquanto isso, a batalha entre Kakashi e Zabuza aproxima-se de seu clímax.
Com Haku em mente, Naruto confronta Zabuza furiosamente. Zabuza está devastado com a perda de Haku, a única pessoa do mundo em quem ele confiava.
Após a batalha na Terra das Ondas, Naruto e seu time retornam à Vila Oculta da Folha.
Naruto, Sasuke e Sakura são selecionados para realizar o Exame de Qualificação Chuunin (ninja nível médio).
Enquanto Naruto, Sasuke e Sakura se preparam para o exame, surge um ninja com cabelo tigelinha e grossas sobrancelhas chamado Rock Lee, que desafia Sasuke para um duelo.
Naruto, Sasuke e Sakura se registram oficialmente para o Exame Chunin. Neste exame, os ninjas se dividem em times de três e, para passar, precisam garantir que nenhum dos membros fracasse. Para ser bem-sucedido neste teste, trabalho em equipe é fundamental.
Naruto e seu time começam a primeira prova: um teste escrito. O avaliador do exame é um jonin (ninja nível superior) chamado Ibiki Morino, um famoso expert em interrogação.
O avaliador declara o que parece ser uma regra dura para a pergunta 10, a parte mais difícil do primeiro exame.
Konohamaru, neto do Terceiro Hokage da Vilha da Folha, aparece no local do Exame Chunin.
Naruto e seus colegas chegam à Floresta da Morte, local da segunda fase do Exame Chunin.
O segundo exame se passa na Floresta da Morte, e Sasuke percebe que um dos inimigos se disfarçou de Naruto.
Sasuke e Sakura não dão conta de enfrentar o ninja da Grama que os atacou.
Ao ver Naruto enfrentar o ninja da Grama, Sasuke percebe que não deveria ter tentado fugir da batalha.
Após um relatório de sua equipe, Anko pressente que Orochimaru se infiltrou no exame.
Protegendo Sakura, incapaz de se mover, Lee enfrenta sozinho os três ninjas do Som.
Sakura se defende dos ataques do ninja do Som, até que o time rival da Ino aparece!
Após presenciar o poder intenso de Sasuke, o ninja do Som recua. O time de Naruto ganha um momento para se recompor.
Para se curar da batalha contra o ninja do Som, Naruto e seu time fazem um merecido descanso. Contudo, eles só têm mais um dia para completar a prova antes do tempo acabar.
O time de Naruto se une a Kabuto na jornada rumo à torre, mas acabam presos na técnica ilusória do time de Oboro, ninja da Vila Oculta da Chuva.
Naruto e seu time alcançam a torre e abrem os dois pergaminhos. É então que, subitamente, aparece Iruka.
Os 21 ninjas que passaram pelo segundo exame se reúnem para descobrir qual será seu próximo desafio.
O terceiro exame começa com combates de um contra um, e a primeira luta é entre Sasuke e Yoroi, assecla de Orochimaru.
Quando Kakashi liberta Sasuke do feitiço, Orochimaru aparece e declara seu desejo de obter o poder do Sharingan dos Uchiha para conquistar seus desígnios.
As eliminatórias continuam, e a próxima luta põe o ninja da Areia Kankuro contra o assecla Musumi.
A quarta luta é entre Sakura e Ino, amigas de infância e rivais que disputam a atenção de Sasuke.
A quinta luta é entre Tenten e Temari. A sexta luta é entre Shikamaru e Kin.
Na sétima luta, Naruto enfrenta Kiba, que vem acompanhado de seu cão Akamaru.
Ao consumir Pílulas de Comida, Kiba e Akamaru aumentam seus níveis de chakra e iniciam o contra-ataque contra Naruto.
Os primos Hinata e Neji do clã Hyuga se enfrentam na oitava luta.
Hinata enfrenta Neji, mas ele usa seu Byakugan para atingir seus pontos de pressão. O fluxo de chakra de Hinata é interrompido, e ela quase perde a consciência.
Gaara finalmente aparece na nona luta, e seu oponente é Rock Lee, especialista de taijutsu.
Lee usa a técnica banida da Lótus Primária para atacar Gaara.
Como último recurso, Lee decide usar a técnica proibida da Lótus Oculta.
Na última luta das eliminatórias, Choji enfrenta o assecla Dosu. Com o fim da etapa, o Hokage revela qual será o terceiro exame.
Para prepará-lo para o terceiro exame, a ser realizado em um mês, Kakashi escala Ebisu para treinar Naruto.