Em 1997, um cientista atormentado deixa a família de lado por um projeto. Em 2022, uma guerreira rebelde luta contra um poderoso robô por conta de dados vitais.
Eiko e o Exterminador chegam a 1997 com missões idênticas: encontrar o Dr. Malcolm Lee. Enquanto isso, os três filhos do cientista fogem de casa.
Malcolm conta a Kokoro seu pesadelo recorrente. As três crianças continuam sua jornada subterrânea, sem saber do perigo à espreita.
Desesperada, Eiko tenta enganar a polícia. O passado misterioso de Misaki entra em foco. Malcolm luta contra a natureza do destino.
Malcolm conecta Kokoro. Os meninos discordam sobre as motivações de Misaki. Eiko percebe que está entrando em território desconhecido.
A Profetisa debate o paradoxo da viagem no tempo com Eiko. Malcolm compartilha uma memória dolorosa com Kokoro. As crianças esperam se reencontrar na Cidade Felina.
Malcolm relembra os esforços anteriores para impedir as máquinas e seu desejo de criar uma divindade. Com a captura de Kenta, o Exterminador prepara o golpe final.
Kenta lida com uma escolha brutal, e o Exterminador revela uma verdade chocante quando o futuro da humanidade está por um fio.